Niels blev gift med Nicoline Aude den 22 okt. 1867 i Them Sogn (Them Kirke), Vrads Herred, Skanderborg Amt. Nicoline (datter af Johan Joachim Frederik Aude og Hedevig Sophie Nicolaisdatter (Møller)) blev født den 11 jun. 1846 i Hatting Sogn (Hatting Præstegård), Hatting Herred, Vejle Amt; blev døbt den 6 sep. 1846 i Hatting Sogn (Hatting Kirke), Hatting Herred, Vejle Amt; og døde. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Hedvig Cecilie Møller blev født den 18 jun. 1869; døde den 21 jun. 1880.
2. Dine Frederikke Møller blev født den 26 dec. 1871; og døde.
3. Henrik Dines Pontoppidan Møller blev født den 31 jan. 1874; og døde.
4. Axel Theodor Møller blev født den 27 jun. 1875; og døde.
5. Marie Kirstine Møller blev født den 24 jan. 1878; og døde.
6. Frits Gudme Blicher Møller blev født den 19 maj 1884; og døde.