Emil blev gift med Jensine Rasmussen den 25 jun. 1872 i Hvirring Sogn (Hvirring Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt. Jensine (datter af Rasmus Jensen (Gjesing) og Karen Marie Bertelsdatter) blev født den 19 apr. 1847 i Tamdrup Sogn (Lund Mark), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev døbt den 20 jun. 1847 i Tamdrup Sogn (Tamdrup Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; og døde. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Karen Marie Vilhelmsen blev født den 15 apr. 1873 i Horsens, Nim herred, Skanderborg amt; blev døbt den 2 jun. 1873 i Horsens (Vor Frelser Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; og døde.
2. Niels Christian Emil Vilhelmsen blev født den 2 jan. 1875 i Horsens, Nim herred, Skanderborg amt; blev døbt den 7 mar. 1875 i Horsens (Vor Frelser Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; og døde.