Thøger blev gift med Kirsten Jensdatter i 1737. Kirsten (datter af Jens Christensen og Birgitte Jørgensdatter) blev født i 1712 i Tamdrup Sogn (Vinten), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev døbt den 4 dec. 1712 i Tamdrup Sogn (Tamdrup Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; døde den 24 jan. 1773 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev begravet den 31 jan. 1773 i Hvirring Sogn (Hvirring Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Karen Thøgersdatter blev født i 1739 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; døde i mar. 1781 i Tamdrup sogn (Kørup), Nim herred, Skanderborg amt; blev begravet den 18 mar. 1781 i Tamdrup Sogn (Tamdrup Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt.
2. Gjertrud Thøgersdatter blev født i 1742 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; døde i aug. 1797 i Uldum Sogn (Uldum), Nørvang Herred, Vejle Amt; blev begravet den 13 aug. 1797 i Uldum Sogn (Uldum Kirke), Nørvang Herred, Vejle Amt.
3. Birthe Thøgersdatter blev født i 1744 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev døbt den 4 nov. 1744 i Hvirring Sogn (Hvirring Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; døde den 30 mar. 1773 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev begravet den 4 apr. 1773 i Hvirring Sogn (Hvirring Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt.
4. Jens Thøgersen blev født i 1748 i Hvirring Sogn (Honum), Nim Herred, Skanderborg Amt; blev døbt den 26 dec. 1748 i Hvirring Sogn (Hvirring Kirke), Nim Herred, Skanderborg Amt; og døde.